京，以牛金星为丞相，下设六政府，地方设防御史、府、州、县正佐官，并扬言要开科取士，为天下贫寒士子开设进身之道。
除了建立政权之外，更是将手下的流贼进行整编，原本就已经初具雏形的各营各哨分为攻城野战的中、左、右、前、后五营和地方守军，李自成这个奉天倡义文武大元帅下设有权将军、制将军、果毅将军、威武将军等，并有由一、二十骑、步兵组成的“精兵队”。那些被编余下来的老弱病残，或是非精兵、战兵，则是分往各地进行屯垦，由大元帅府为他们提供铁质农具和种子、一部分口粮，让他们在各府各县进行屯田垦荒，便是李自成自己，据报也亲自参加荒田的屯种。
如此这般一来，如何不令崇祯心如火烧？所谓的不怕流寇烧杀，就怕流寇不烧杀。
正如明朝巡视陕西茶马御史徐一抡题本中所述:“??闯、曹等孽百万余众，所向莫敢撄锋，去岁陆沉中州，今春坠陌楚省，六府州县，望风披靡，俱留伪官防守，结我民心，以成燎原之势。且发贼兵四股，狼奔三秦，汉兵缺饷年余，兵心汹汹，莫必其势，城阜隍浅，殊可寒生。”
对此，便是关外清人都看出来，“彼文武大小官员，俱是钱买的。文的无谋，武的无勇，管军马者克