而在4月初，倭军大举入侵之际，元均却急于逃走，导致釜山、蔚山等城市成为空城，直接沦陷于敌手，目前都没抢回来。
此后，元均被委派去了全罗道，与李舜臣一起同倭军水师作战。
然而两个人的配合可以说是一塌糊涂，元均鲁莽的性格与性格温和的李舜臣非常不和。
而且，李舜臣在战争中被朝鲜朝廷里唯一一个有脑子的人，柳成龙所看中，在功绩较少的情况下突然被大为提拔。
这使元均非常不满。
同时，李舜臣也非常讨厌元均。
在李舜臣的《乱中日记》里，曾评论道：“在天地之间，像元均这样凶恶的人实在是非常少有的。”
元均被驱赶回了平壤，一直跟在明军屁股后面。
后来，趁着朝鲜国王李昖返回平壤的当口，他向朝鲜朝廷进谗，直接导致了李舜臣被免职下狱。
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