《名侦探柯南》中有大量客串。
但两部作品相互独立，《魔术快斗》不是《名侦探柯南》的番外篇或特别篇，二者没有附属关系，作者也表示两部作品不会合并结尾。
魔术快斗的故事背景：
一位神秘首脑雇佣世界各地的杀手，组建成该组织，主要目的是寻找传说中使人长生不老的“命运之石”——“潘多拉”，因此对散落在世界各地的大宝石下手。据说暗杀了因为偷窃珠宝而妨碍了神秘组织行动的第一代怪盗基德（黑羽盗一）。
听起来很相似，但是漫画原作者青山刚昌已明确表示此神秘组织与《名侦探柯南》中的黑衣组织不是同一个组织。
但是，眼下这是什么意思？
两个世界合并的混合世界？
然后致力于研究长生的黑衣组织，消灭了魔术快斗里的神秘组织？
《魔术快斗》里的“神秘组织”成员代号都是以危险的动物命名，而《名侦探柯南》里面的黑衣组织成员代号都是以酒类名字所命名。而且《名侦探柯南》黑衣组织成员不仅全部穿黑衣，而且实力要远远超过《魔术快斗》里的“神秘组织”。
所以，即便同时存在，那么黑衣组织吞并乃至于消灭后者的可能性