内蒙匪患起因复杂，从乾隆年间起，不断有关内破产的流民来到关外蒙古地区择地耕种，他们对当地的开发建设做出了突出贡献，各旗贵人通过地租和旗饷赚得盆满钵满，但与此同时当地中下层土著的生存空间却受到了挤压。
再加上清廷的刻意打压，各旗贵人为偿还朝廷欠债的加派，引起了当地蒙人的强烈不满，从而导致底层牧民起义不断，波及范围广阔，留下了陶克陶胡、嘎达梅林等传说，至今还在草原上歌唱。
这些底层牧民起义或许是逼不得已，但沙俄也从中看到了机会，他们提供军火等帮助，让混乱愈演愈烈，试图从中捞取好处，日后外蒙的分裂也和这些起义有说不清的关系。
对于这些底层牧民的遭遇，沈隆还是比较同情的，但是对他们造成的后果，沈隆却无法接受，所以剿灭匪患也就成了势在必行的事情。
从元宝镇到郭尔罗斯前旗的路上，孙烈臣给沈隆等人介绍着剿匪的难点，“要说这剿匪，有三个难处，其一，草原上草多蚊虫也多，进入草原就算是夏天也得用布包头，不然的话，寸步难行，狼群也多，派出去的跑跋子（哨探）经常被狼吃掉。”
“其二，那些马匪都是一人双马，马术好跑得快，枪法也准，往往