恭仁为皇族远亲，进拜成安郡开国公，加授左宗卫车骑将军。仁寿三年603年，杨恭仁出任甘州刺史。他施政宽和，使得治下胡汉百姓各安其所，深得边民之心。大业九年613年，杨恭仁改任谒者大夫。当时，礼部尚书杨玄感起兵反隋，杨广特命杨恭仁负责征讨事宜。杨恭仁在破陵大败叛军，随后又与屈突通追击至阌乡，擒获杨玄感、杨积善兄弟，因功进授正议大夫。
大业十二年616年，隋炀帝巡幸江都。当时，裴蕴与苏威、宇文述、裴矩、虞世基共掌朝政，排斥异己。杨恭仁因素来廉正，遭到他们的排挤，被外放为河南道大使，负责“讨捕盗贼”。他行至谯郡，被食人魔王朱粲所部击败，只得逃回江都。
宇文化及发动江都兵变，弑杀杨广。他另立秦王杨浩为皇帝，自任大丞相，并以杨恭仁为吏部尚书。受陈应这个异世蝴蝶的影响，杨恭仁并没有像历史上那样被元宝藏擒获，献给李渊，而是杨恭仁自行返回长安，事实上在河北的时候，夏王窦建德曾想招揽杨恭仁为大行台既行台尚书令，不过由于杨恭仁看不上窦建德，就婉拒了窦建德，以思乡心切为由，只身返回了长安。
杨恭仁回到长安，却遇到了李渊强嫁杨蓉与武士彟为妻，这让杨恭仁非常愤怒，他甚至产