imus，并开始借此观察卡勒姆的祖先当年的经历，而科勒姆因为使用animus而同步了祖先阿奎拉的记忆，在实验的过程中渐渐的掌握了高超的战斗技巧。
中间并没有什么好说的，最终艾伦和索菲亚通过观察阿奎拉的记忆，成功的得知了金苹果隐藏的位置。
不过艾伦他们并没有意识到，他们在不断的让当年那些刺客的后人使用animus的同时，这些人因为同步了自己祖先的记忆，已经让自己的祖先在自己的身上实现了一种另类的重生，可以说圣殿骑士亲手为自己制造了一批强大的敌人，他们唤醒了一群早已死去的刺客，就在自己的研究基地之中。
这些刺客在最后关头发起了暴动，虽然大部分刺客死去，但是包括主角在内，最后三名刺客成功的离开了这个实验基地。
艾伦虽然根据来自animus的情报成功找到了金苹果，但是随后追踪而来的卡勒姆等人却在混乱中杀死了艾伦并抢回金苹果。
故事的最后，虽然给出了一个开放性的结局，索菲亚接替了自己父亲的位置，再一次启动了围绕animus计划。不过以刺客信条的票房来看，就算是叶千狐很喜欢刺客信条，也只能说一句续集的前景堪忧。
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