，为了救出逃离过程中被抓走的小女孩，雷普莉又再次单枪匹马冲回了殖民地中。
通过追踪器，雷普莉找到了异形的巢穴，并在那里救出了被困住的小女孩。
然而，雷普莉随后却走进了异形皇后的房间，在这里有着一个巨大的异形皇后和无数的异形卵，四周还有着虎视眈眈的其他异形。
雷普莉向异形皇后展示了手中喷火器的威力，并用此威胁异形皇后，如果自己受到攻击就会烧毁周围的异形卵，于是异形皇后对她妥协放他们离去。
只不过，在脱离危险后，雷普莉就马上用喷火器毁掉了异形皇后的巢穴。
火焰中，大量的异形卵被烧毁，愤怒的异形皇后脱离了自己的子宫去追杀雷普莉，而生化人这个时候却返回，即使的救走了雷普莉和小女孩，他们引爆核弹毁掉了异形的巢穴。
故事当然不会就此成为圆满大结局，异形皇后混上了飞船重伤了生化人。雷普莉驾驶装卸用的机器和异形皇后进行战斗，并故技重施，打开飞船的舱门将异形皇后抛入了太空中。
最后的幸存者，包括雷普莉在内的三个人再加上一个生化人终于踏上了归途。
然而，雷普莉的运气实在是不怎么样，看起来她的生活