来的时间中，那些变异者逃出货仓，飞船成为它们的狩猎场。而且，这些变异者相比于人类而言，更加强壮，也更适应飞船中的中的环境。就算是有被意外唤醒的人，最终绝大部分也成了这些变异者的食物。
飞船在海底沉眠了八百年之后，飞船的核反应堆已经即将消耗殆尽，而这个时候，男主角鲍尔被唤醒。但是长久休眠而引起的深眠后遗症，鲍尔遗忘了很多记忆，而且，他还被困在了苏醒的舱室中，无法到达仅隔一道门的驾驶室。
之后，在反应堆的一次间接性抽风中，“佩顿上尉”苏醒，为了能够重启飞船，鲍尔决定去重启飞船的反应堆。
虽然遭遇了很多危险，但最终在飞船上找到的其他几名幸存者的帮助下，鲍尔完成了自己的任务，反应堆重启，飞船重新获得稳定的动力。
而另一边所谓的佩顿上尉，又经历了一些列抽风之后回忆起了之前的所有事，也明白了自己真正的身份，几乎可以说是毁了所有人的盖洛。
重启飞船成功后，回忆起自己的长官佩顿其实根本就不是之前他所见那人的鲍尔，也带着女主角赶回驾驶舱。
最终，他们知道了自己其实早已经沉没在海底的事实，而且因为意外，驾驶舱的外壳被打破，