世，亦当为名医济人”，走上了弃儒从医的道路。
黄元御凭着深厚的文化功底，苦读历代中医典籍，数年奋斗，浸浸有成，开始悬壶济世。在行医过程中他又不断总结经验，医术精进，医名大盛，时人将之与诸城名医臧枚吉并称“南臧北黄”。
黄元御从医伊始，是从研读张仲景的《伤寒论》入手的，然后逐及《金匮玉函要略》，黄帝、岐伯《内经》，扁鹊《难经》等中医根本典籍。他奉仲景等四人为“医门四圣”。他认为“四圣”之外，历代名医持论多有偏失，以至误诊死人，其根本原因是因为”四圣“之书错简零乱，兼之历代传注谬误所致。因此发愿致毕生精力，对“四圣”之书，从源到流，重加考订，还其本来面目，以凭后世遵循。
乾隆二年（1737），黄元御开始酝酿《伤寒悬解》一书的编著，并着手撰写《素灵微蕴》，乾隆五年（1740）九月完稿，四卷二十六篇，在该书中黄元御首次提出了“培植中气，扶阳抑阴”的诊病理论。对于中气他给予了形象的比喻：“精如果中之仁，气如果中之生意，仁得土气，生意为芽，芽生而仁腐，故精不能生，所以生人者，精中之气也。”有本于此，在施治中他始终贯彻了重视脾土、扶阳抑阴、厚培中气的施治原则