基之时，为了把自己的父亲朱佑杬尊为皇帝、生母为兴国皇太后，他不惜发动大礼仪事件，罢免了托孤大臣杨廷和，将一百三十四位大臣关押进大牢，廷杖官员一百八十多名。
第二件事，就是向嘉靖皇帝推荐方士蓝道行，蓝道行深得嘉靖皇帝信任，有一次，严嵩在上朝前，徐阶事先跟蓝道行联络，告知了他这件事，蓝道行于是说今天有奸臣奏事，嘉靖皇帝见严嵩果然上朝，心中便信了几份蓝道行的话，蓝道行又趋热打铁地说：“严嵩、严世蕃是奸臣，徐阶是忠臣。”
嘉靖皇帝于是有让严嵩退休的心思 ，御史邹应龙本是徐阶的学生，他愤恨于严嵩残害忠良，一直想找机会弹劾严嵩；徐阶知道此时时机已到，告诉邹应龙道：“如今的严嵩、严世番就像没有根基的高楼大厦，一推就可以倒，杨继盛、沈炼的仇我一直没有忘，如今可以报了！“
嘉靖四十一年邹应龙上《贪横阴臣欺君蠹国疏》曰：“工部侍郎严世蕃凭藉父权，专利无厌。私擅爵赏，广致赂遗。使选法败坏，市道公行。群小竞趋，要价转钜。刑部主事项治元以万三千金转吏部，举人潘鸿业以二千二百金得知州。严年尤桀黠，士大夫无耻者呼为鹤山先生。遇嵩生日，年辄献万金为寿。臧富侈若是，主人当何如？