当时曾有官员向天启皇帝提名内阁的几位大佬，可他们都知道辽东是个难摊子，谁都不愿意去；王在晋也不傻，他也不愿意去坐这个火药筒，可王在晋作为朝堂中一个技术型人才，论人脉深厚、皇帝恩宠自然比不过内阁的几位大佬，王在晋不是解经邦，他不会直接冒着被解职为民、永不录用的风险，拒绝天启皇帝的任命，所以在经过廷议这个程序后，辽东经略的人选就定王在晋了。
天启二年（公元一千六百二十二年）三月十八日，天启皇帝任命王在晋为兵部尚书兼右佥都御史，王在晋这个辽东经略管辖的范围除了辽东外，还包括蓟镇、天津、登莱等地。
王在晋去了辽东后没多久，他就给天启皇帝上了一道奏章，内容是这样的：“伏念东事离披，一坏于清抚，再坏于开铁，三坏于辽沈，四坏于广宁。初坏为危局，再坏为败局，三坏为残局，至于四坏，捐弃全辽，则无局之可布矣。……。试问通国人情，谁肯直任经略？臣若不行，使奴酋奸细闻之，是羞中国也；谓当世真无御侮之士、灭奴之人，是轻当世也。臣不敢为毛遂之自荐，亦不敢效王阳之逡巡，拜命即行，以壮本朝士大夫之气。故知臣者与臣，怜臣者慰臣，而娝臣者思 媒孽臣倘逐臣而使之归，臣之所大幸也。不然而阴