张凤翼的方案被否，办公地点又被迁移到宁远，心中不快，私下与语人曰:“枢辅（孙承宗）欲以宁前荒塞居我，是杀我也。国家即弃辽左，犹不失全盛，如大宁、河套，弃之何害?今举世不欲复辽，彼一人独欲复耶?“。张凤翼遂与其乡人潘云翼、万有孚等人极力收集马世龙贪污的证据，以他入手来撼动孙承宗。
万有孚本是待郎万有德的儿子，当初为为广宁理饷同知，广宁城失陷后逃归山海关，王象乾任命他为广宁道佥事，专们处理与西部抚事，他为官贪婪，为自己捞了很多好处，被蓟州巡抚岳和声所弹劾，罢官而去；张凤翼心里更加怀疑这是马世龙与袁崇焕的构陷，于是一起阻挠孙承宗的出关计划。孙承宗不悦，张凤翼又遇丁忧，遂去职。孙承宗复上疏为马世龙等人辨解，诋毁张凤翼”才鄙而怯，识暗而狡，工于趋利，巧于避患“。接到孙承宗的上疏后，廷议以为张凤翼既已归去不复追问。
张凤翼既然以丁忧辞去辽东巡抚之职，喻安性代替了他。廷臣们向天启皇帝进言：蓟辽总督一职不可裁剪，可以命吴用先任蓟、辽都督，代替王象乾；吴用先到任后上疏说:“臣抵任十日，即阅历蓟、昌各路，星驰山海关，至宁远。以臣所睹记，非独关外之难，关内亦难也。关内三协