不过朕决定在陆军都督府下面，要再另设西域都护府和西南都护府，专职对付沙俄和莫卧儿帝国。另外，朕再次强调，都督府领统兵权，而兵部领调兵权，权属不得混淆。“
所谓统兵权，就是统领军队，对军队进行训练等日常事务，简而言之就是统领军队的权力。而调兵权，就是遇到战事，皇帝下旨给兵部让其调兵，给某位将领统兵，同时发给印信。战事结束，统兵官缴印于朝，军队则各回驻地。
统兵权与调兵权的分离，保证了军事权力的分离，防止了拥兵自重的可能。
申用懋一听，兵部的权力似乎要回到从前去了。要知道，兵部的调兵权，也是皇帝下旨之后才有的。他有点急了，正要说话时，崇祯皇帝却实在霸道，还没给他说话机会，已经又在说了：“各军之中，需按新军军制，各级之中皆须有监军。不过以后师监以下的监军，则由兵部选拔委派。”
涉及到国军队，就算把所有内廷宦官都打发去当监军，估计也是不够的。更何况，要当监军的话，也是有要求的。要能识字，要能做思想工作，要忠君爱国，不是随便一个宦官都可以的。
因此，崇祯皇帝就准备把监军的选拔工作，丢给兵部去搞，以此来解决监军不够的问题，顺便算