机紧随这批殖民者，在欧洲以外的广大地区热忱地传播上帝的福音。
十六世纪以来，基督教在东南亚一带迅速传播，但一波操作下来，基督教的第一大分支——天主教会，只有在菲律宾群岛获得了真正的成功。
西班牙人在那里实行天主教会与殖民政权相结合的统治，使得菲律宾社会天主教化，菲律宾也成为今天东亚唯一的天主教国家。
1588年，西班牙无敌舰队被英国海军击败，英国和法国人逐渐取代了葡萄牙和西班牙人在东南亚的地位，获得该地区基督教传播的控制权。
不过，这些信奉基督教新教的“宗教异端”——英国和尼德兰人更关心的是商业扩张，对传教活动却并不热心。
成立于1602年，旨在开拓殖民事业的尼德兰东印度公司，将天主教徒视为西班牙和葡萄牙的潜在支持者，明令天主教徒不得担任高级雇员，也不允许他们在当地开展传教活动。
因此，除了菲律宾之外，无论在印度，还是泰国、日本等地，天主教都遭到了挫折。
尤其在日本，由于德川幕府的疑心，曾有大批信徒被杀，佛郎机人也因此被禁止进入日本通商，仅剩“宗教异端”尼德兰人还有少量的贸易资格。