在接受招安前，不断的袭击福建传统的外贸港口月港（今漳州九龙江入海处），彻底摧毁了月港的对外贸易，从而实现了把外贸港口转移到他的控制下的安平、中左所（今厦门岛）的企图。
郑芝龙将安平城墙做了大修，几乎重筑了一座新城，因为，他选择安平作为自己的根据地是经过深思 熟虑的。
安平镇，与他控制下的中左所、大小金门岛，构成了一个控制严密的围头湾，敌人想要进攻这里，都要冒极大的风险。
从此，安平成为郑芝龙拥兵自守的军事据点，以及海上贸易的基地，由日本、马尼拉等地前来进行贸易的商船都在这里交易。
当然，除了修筑城墙，疏浚码头，他自身的享受也没有落下，从崇祯三年春天开始，郑芝龙就在安平大规模地修筑自己的宅邸。
当初，这座规模宏大的豪华府邸，历时三年多才告竣工，根据有关史书载，“郑府位于安平桥以北，西从西埭抵西港，北达西垵头，南临安平桥头，直通五港口岸，占地138亩……主构为歇山式五开间十三架，三通门双火巷五进院落，两旁翼堂、楼阁，亭榭互对，环列为屏障……东有“敦仁阁”，西有“泰运楼”，前厅为‘天主堂’，中厅为‘孝思 堂’……周以墙为护