，丞为副，下设主事、令史等职，其任多为行台旧人，也兼用部分尚书旧吏——比方说张异、孙珍等。
地方行政暂且从旧，但裴该与群臣商议，谋划在天下大定后，情势许可下，恢复前汉之制，即废州而只设郡、县二级；但将部分人口繁盛、地位重要的郡改称为州，比普通的郡要高上半级。譬如改京兆为雍州、河南为洛州、河东为汾州、河内为沁州、荥阳为郑州、陈留为汴州、颍川为许州、魏郡为魏州、范阳为涿州、汉中为梁州、蜀郡为益州、江陵为荆州、丹阳为扬州……等等。
州命刺史，正从五品；郡命太守，正从六品，县不分大小，一律任命县令，自从六品而至正八品。县下更分一都多乡，朝廷直命亭长，为正从九品。
此外议在州郡上再设监察道，由御史省外派按察御史（正从七品），负责一道官吏之督责及民风之访察——一如汉之刺史、唐之黜陟使、明前期之巡抚。
将以旧雍、秦二州并汉中郡为陕西道；凉州为平凉道；以梁（除汉中郡）、益二州为巴蜀道；黄河、太行之间为山西道；黄河以南的司、兖、豫三州为河南道；黄河以北、太行以东为河北道；幽州东部及平州为辽宁道；青州为山东道；徐州为淮东道；荆州为湖北道；湘州为湖南道