直属于京师的两府，同时江陵的枢密副使也有权咨问军政情形，不过并不会直接插手管理。
岐州设一个知军州事的知州，正五品官职，军政一把抓，下有州丞，协助知州，通判，监督知州和州中官员，尚有推官，州仓常平使等佐官，孔目，吏人，押司，司帐，衙前等吏人。由于是要紧军州，百姓虽然不多，但官职齐备，且不设州都监，而是设防御使，也就是老南侯徐应宾曾担任过的职备，专门管理上中下三寨。
上寨和中寨各有知军寨使一人，等于统制官，上寨设一指挥，也是面临岐山盗的第一线。
州中官兵人数比岐山盗略多，如果是内地寻常盗匪，相等人数的官兵完全能轻松剿灭盗匪，而海盗不同，其抢掠更方面，还有贸易手段增加财富，加上海上逃避容易，追剿困难，只要海盗成了势就很难被剿除。
而岐州这里还因为三面背山，一面临海，地势险峻，官兵进剿极为困难，徐应宾试过一次，由于在山中被岐山盗骚扰偷袭，粮饷转运困难，兵力不继，导致大败，将士损失近千人，此战过后，朝廷对剿灭岐山盗也失了信心，从此成对峙之局。
吕问贤原本也只是谨慎守土，不敢随意与海盗动什么刀兵，岐州这里，十停人有九停在海上谋