当然明军在收复台湾后所面对的第一个问题就是台湾由谁管理的问题。照理说台湾隶属福建省理应由福建总兵郑芝龙管理。并由福建出兵固守。但在这次收复台湾的战役中义勇军也是出了很大力的。可以说若是没有义勇军台湾不可能这么顺利的就被收复。再加上沈犹龙也有自己的小九九。从这次台湾战役的全过程看来义勇军的战斗力远远超出了沈犹龙的预计。他从没想到过一支纯火器的部队竟然有如此大的攻击力。并且能不靠其他兵种的配合独立作战。倨他所知大明虽然曾经也有过这样的部队。但实战的效果并不理想。所以现在的火器营还只是做为辅助部队使用的。而义勇军的水军则更是沈犹龙的心病。所以现在沈犹龙所考虑的不再是怎样利用义勇军来抑制郑芝龙的发展。而是怎样让郑芝龙来抑制义勇军的发展。两者能相互抑制而又不被对方消灭这是沈犹龙最想看到的结果。于是他考虑再三决定将台湾分为两部分。台湾北部地区由郑芝龙管辖，而台湾南部地区由广东的孙露管辖。
对于沈犹龙的这一决定郑芝龙多多少少还是能接受的。毕竟义勇军也是出过力的。再说攻打台湾的建议也是他们出的。没理由不给对方一块“肉”吧。不过孙露的反应却让他们都大跌了眼镜。原来孙露坚决反对了沈犹龙