是他反对宋明理学，也不满意西方传来的基督教神学。自然科学上，他倡导“质测之学”，重视观测和实验，并接触过一些西方的自然科学知识。当孙露看了他所著的《物理小识》时不禁大为感叹。这是一部百科全书式的自然科学著作，共分天、历、风雷雨晹、地、占候、人身、医药、饮食、衣服、金石、器用、草木、鸟兽、鬼神方术和异事等15类﹐记录了包括天文、历算、物理、矿物、植物、动物、医药等方面的知识近1000条。但也含有一些迷信荒诞的内容。不过这在孙露看来已经算很了不起了。由于党争问题方以智被贬出京。孙露当然是想方设法的要把这位天才给挖过来。为此她还请陈子壮出面写信邀请方以智来广东。不过最后让方以智动心来云山学院的并不是什么高薪和虚名。而是云山学院中学部的一本课本。上面的理论让他激动不已。上面的格物原理没有象以往红毛传教士所传授的那样带有宗教色彩。而是建立在严谨的实验基础上的。
当然方以智在许多方面对于格物的认识还是停留在迷信方面的。这也就是为什么杨绍清总是喜欢同这个老先生争论不休。每次杨绍清都会搬出教学课本以及实验结果来说服这个比自己大20多岁的老学究。这也是云山学院的一大特色。虽然孙露带来了几百年