另一方面巩阿岱为了保证水淹开封大计的成功不惊动明军在掘堤时并未通知驻扎在开封外围的清军营寨。因此非但是围攻开封东南侧的3万明军就连驻扎黄河下游的4万多清军也未能幸免。至于巩阿岱本人则在马家寨和朱家寨决口后趁着明军不知所措时带着自己的人马仓皇地逃到了黄河的北岸。只留下了一片汪洋中的开封城给明军。然而洪水并没有就此停住脚步。随着五月汛期的到来以及连日的大雨，暴涨的洪水沿着黄河南岸的涡水、惠济河等支流再次抢淮河入海。洪灾很快就波及到了淮河流域。一时间黄淮流域的大小村寨均被汹涌的洪水所淹没。无数的房屋在滚滚的洪流中被冲跨。河南、两淮等地农村公社的老百姓才恢复农耕便被这人为的洪灾夺去了刚刚建立起的家园。
这一突如其来的变故使得隆武内阁再也顾不得追击北逃的清军，更没心思庆贺河南的完全收复。在黄河决口的第三天首相孙露便宣布全国进入了警戒状态，并以隆武内阁的名义发出通令号召军民同心协力，同舟共济共抗洪灾。无论是在洪灾中遭受重创的第一军团还是原本留守京畿的第四军团都被紧急调配到了河南、两淮等受灾较重的地区配合当地官府一起救灾。
此刻远在南京的内阁办公室里孙露正抱着双臂透过