但刚开始的报复泄愤行为，很快就发展变质成了混乱的暴动。北京城里原有的痞子流氓纷纷打起了报复鞑子汉奸的大旗，在城中趁火打劫起来。无论是满人的宅邸，还是汉人的四合院，都遭到了肆意的洗劫。从复仇的快意中清醒过来的北京百姓，这才发现自己一手造成了另一场灾难。
不过，城中的痞子流氓们也没能得意太久，他们不久就见识到了萧云的好手段。在接到报告后，萧云立刻带着大队人马在第一时间开入北京城维持起了治安。经过一番雷厉风行的整治后北京城上下的暴动迅速就被压制了。但萧云并没有就此停下他的整治大计。借着初九的这次动乱，他顺势开始对盘踞在城中多年的各种不稳定势力以及满清余孽进行了定点清除。事后也有人指责萧云镇压的手段过于血腥，不该对城中百姓如此凶狠。但萧云本人对此却直言不讳地表示说：“野火烧不尽，春风吹又生。不把毒草连根拔除，怎能还大明一个干净的北京城。”
虽然北京城受降工作的开头并不理想。但二月初九的流血暴动对明军来说也不是一件完全的坏事。至少在经历了那血腥的一日后城中的满人不敢再抵触这次的撤离行动。相反城中剩余的满人就象躲避瘟疫一般争先恐后地逃了出来。使得撤离行动比原先还提早