教上都放弃了其原先信奉的萨满教，纷纷改投伊斯兰教。这就让诸多蒙古汗国免不了最终被中亚文明给突厥化、波斯化。正如克里米亚汗国、喀山汗国和阿斯特拉罕汗国与突厥斯坦的吉尔吉斯部落一样，成为了信奉伊斯兰教的突厥汗国。
而今在诸多蒙古汗国当中唯一还保留有蒙古特色的，便只剩下了留守其发源地的忽必烈系汗国。而这其中又分作为东蒙古和西蒙古。东蒙古为成吉思汗直系，发源生活于鄂嫩河、克鲁伦河和鄂尔浑河流域的蒙古部落。由“察哈尔”王室统治，并按传统划分成向东的左翼和向西的右翼。左翼由可汗直接统率，主要由察哈尔人（可汗所在的一支）、喀尔喀人和兀良哈人组成。右翼则由可汗从他的兄弟，或儿子中选出来的一位济农统率。包括鄂尔多斯部、土默特部和科尔沁部。
西蒙古指当年以同盟者的身份加入成吉思汗帝国行列的蒙古部落，即卫拉特人（意思是同盟者）。其主要是由绰罗斯部、杜尔伯特部、土尔扈特部与和硕特部组成，故而又称“四联盟”。其中绰罗斯部作为联盟统治者，也被尊称为“准噶尔”部。准噶尔一词即指服从绰罗斯诸汗的杜尔伯特部人和辉特部人。
虽然一直以来东蒙古的扩张都仅限于蒙古高原，但其组织却与成吉思汗