然而五世达赖与顾实汗之间的“蜜月期”很快就到了头。有道是请神容易，送神难。和硕特人在入藏后便一直赖着不走。顾实汗除了掌握强大的兵权之外，还实际上操纵着噶丹颇章政权。这就让五世达赖虽然安富尊荣于教主地位，在政治上却成了蒙古人的傀儡。五世达赖当然不甘心就此受制于人，一心企图排挤蒙古部落势力出西藏。而在另一边顾实汗也不甘心失去在西藏的既得利益，想尽力控制噶丹颇章政权。双方在一番明争暗斗之后，当然是没有兵权的五世达赖落了下风。于是他便又故计从施盘算起从外界请来“新神”来赶走这帮蒙古“瘟神”了。
照理说遇到这种麻烦问题，理应去找作为上国的明庭帮助调停。但当时的朱明王朝已处于风雨飘摇之中，善于审时度势的五世达赖料定明朝必亡，就和实力更大但还未入关的清王室拉上了关系。为此在1642年五世达赖还派特使到盛京朝见皇太极，并受到了清室的优待。可谁知满人崛起的快，覆灭的更快。中原的汉人仅花了五年左右的时间便咸鱼大翻身，又成为了中原的主人。虽然国号变了，皇帝也换成了一个女子。但这在五世达赖看来都不重要。重要的是这个新政权能否保证黄教及他本人在西藏所享有的特权。能否保护他们不受蒙古人的控制。