以福船通常只在船首和船尾安装大口径炮，仅朝前后发射。甲板上只能安放小口径炮，用的通常是威力比较弱的佛郎机炮。
而盖伦船则可以在甲板上并排布置大量重炮，接战时已侧舷对敌，十几甚至几十门加农炮齐射，火力密度比福船要高出几个数量级。
除了船形，船体内部结构上，福船也有作为战船的不足之处。
福船的内部是水密舱结构，以大量隔板将船体分为十多段，其中任何一段漏水，都不会影响到其他分段。是以福船抗沉性极好，触个不是很大的礁都不会沉没。
但水密舱结构却带来了问题，比如会导致整船重心上移，结合“v”形船身，更不利于甲板上开炮时的稳定。
还有就是隔板占据了船内空间，导致无法在船体内部铺设多层贯通式甲板。
明代工匠们称盖伦船为夹板船，就是因为盖伦使用的是肋骨结构，放弃了抗沉性，只用固定在龙骨上的船肋支撑船体，船体内部空间极大。故而可以在船身里再铺一层甚至两层甲板，用于安放火炮。
西方海盗电影中常能看到帆船的船侧打开很多“窗户”，而后无数火炮从窗口探出头来，向船侧的敌舰射击。这便是盖伦船内部的二层甲板上布置的大炮