改革，起初带来了不错的效果，然而随着时间流逝，其弊端造成的负面影响也越来越大。
田赋折价（钱）的做法，其实在以前就出现过，南朝建康朝廷，某些时候会要求百姓缴纳赋税时，把一部分实物(粮食、布帛)折价为铜钱再上缴，而铜钱还得是好钱。
然而，普通百姓很难获得好钱，所以将粮食、布帛变卖之后，还得用所得劣钱，去奸商那里换好钱，只有这样才能缴税。
于是，百姓受到的剥削翻了几倍，可能本来缴纳二石粮食就行，实际上却等同于要缴纳六石才能达到官府的要求。
同理，一条鞭法加重了百姓的负担，而对于内陆地区的百姓而言，因为获取白银的途径很少，所以到了秋天收获时，为了及时向官府缴纳白银，不得不忍受奸商或者官商的盘剥。
可能农户本来缴纳二石粮食就行，当一条鞭法施行之后，在贪官污吏还有奸商的盘剥下，农户等同于要缴纳八石的粮食，等同于被敲骨吸髓。
丰收之年，农民的日子都过得紧巴巴，一旦粮食歉收，或者遇到天灾，日子就过不下去，大量农民破产，或者变成流民。
与此同时，随着海贸大兴，东南沿海地区因为“出口导向”，于是纷纷“改稻种