割让给日本。但这一决定却遭到了台湾原居民的强烈反对，在清军将领，黑旗军统领刘永福，以及台湾原居民义勇军的领导下，对曰军进行了激烈的抵抗。因为这一场战争发生在甲午年之后的乙末年，因此历称为乙末战争，而日本将这场战争称为台湾讨伐之战。
不过在甲午战争中，无论是朝鲜战场、海战、还是山东战场、辽东战场上，都是威风八面、所向披靡的，打得清军丢盔弃甲、望风败逃的日军，在的台湾岛上，面对着只有少量清军，而是以台湾原居民为主，自发性组成的抗日义勇军，却遭到了前所末有的强烈抵抗。
日军于1895年5月9日，登陆澳底（今台北县贡寮乡境内）开始，前后遭遇到在隆恩埔、分水仑、八卦山、斗六、八掌溪、台南、步月楼等地的层层抵抗，最后日本分兵于10月6日在台南登陆，南北夹击，一直11月6日正午，日军全力攻击位于火烧庄（今屏东县长治乡长兴村）的六堆客家军大本营。日军以较为优势的武器及火力击退六堆客家军，并放火烧毁邻近各聚落，至傍晚返回阿猴街，为乙未战争最后一场战役。才算是基本平息台湾义勇军的低抗，基本控制台湾的局面。但一直到现在，台湾原居民依旧抵抗不断。
在这前后近半年的时间