科技自主创新，协调推进科技领域的军民融合展。
审计署，主任是怀化舰政委邬煜晖，主要职责是履行军队的财务审计监督职能，组织指导全军审计工作。
机关事务管理总局，主任是襄阳舰政委李，主要职责是统一负责军委机关及有关直、附属单位管理保障工作，加强资源的统筹管理和使用，减少保障机构和人员，提高管理和保障效益。
军事情报处，主任三亚舰政委夏杰 ，主要职责是收集其他各国的军事情报，武器装备，军事动向，为军委决策提任情报依据。
从总体来看，各部门机构的负责人有两个特点，一是以出身海军的负责人居多，只有6军部的负责人诸亚平是6军，这也符合穿越军队的情况，严格来说穿越军队全部都是海军，没有6军；二是以政工干部居多，12个部门机构中，除了总参谋部、海军部、6军部、后勤保障部，其余8个部门机构全部都是由各军舰的政委、副政委担任负责人，这主要是因为各军舰的舰长、副舰长都要储备起来，担任未来的军舰或者是舰队的指挥官。
而6大职能部门，6个直属机构的成立，让军事委员会的结构、职能、组织趋于完整，职权责任分工明确，也更有利于以后人民军的建设。当