去年底抵达，在向新西班牙总督的报告书中，科奎拉介绍了自己对荷兰舰队的优异战绩后，详细描述了菲律宾都督区面临的严峻形势，那就是荷兰舰队已经在几次失败后失去了对与大舰队决战的信心，转而支持苏禄人和海盗骚然，甚至上岸抓捕皈依天主教的菲律宾土著做奴隶，为了反抗这类残暴的海盗行径，保护羔羊不受骚扰，科奎拉请求新西班牙总督区支援一支巡航舰队，执行对付海盗和对香料群岛的荷兰商船进行破交。
最终，这个任务落在了拉斐尔的身上，因为纵帆船不太适合远航，拉斐尔只等率领两艘巡航舰护航两艘大帆船前往菲律宾，在关岛停留的时候，遭遇了风暴，飓风扯断锚链，让四艘战舰失去了控制能力，好在西班牙人的操船能力优秀，也不在风暴的中心，只损失了一艘巡航舰，但是另外两艘大帆船的情况不容乐观，圣帕德罗号损失了两根桅杆，船锚只剩下一副，撞在礁石上的它左舷出现大洞，如果不是紧急搁浅，怕是要沉没了。
另一艘伊博利托号的受损倒是不大，但是进水严重，只有拉斐尔的座舰艾斯特号没有受到什么损失。
大帆船贸易已经八十多年了，按照规矩，因为抛弃圣帕德罗号，把货物和宝箱全部挪到伊博利托号上，与艾斯特号一起返航