西蒙斯为海军提督，兼任主力舰队指挥官，向李明勋负责，而陆军都督则由高锋担任，其还担任大本营守备司令、新军营提督，接受执政官的直接领导。
而在大本营之外，社团设立行政长官区、领事馆、商务办事处等诸多行政部门，其中永宁城和未来的台北是社团能直接控制无需考虑周边势力的区域，直接建立行政长官区，香港事实上已经被社团掌控，广东官府只有收取进出港税的权限，但是碍于对明国的影响，香港行政长官区暂时不对外公开，林河依旧是驻香港领事的身份实行行政管理。
长崎与崇明有些特殊，在长崎的商馆只有贸易和外交职责，所以何斌依旧是领事身份，而崇明与长崎类似，但是社团以商馆护卫和运输船的名义留了一支陆军和一支分舰队，许长兴以商务办事处高级商务员的身份管理一切贸易和外交事务，而赵三刀则担当守备司令和分舰队指挥官。
能有长官在元老院担任元老的据点都是社团下辖的一级行政区，在一级行政区下还有二级行政区，比如隶属于永宁行政长官区的东方港、郁陵岛、海参崴，东方港与郁陵岛各自有二级行政官担任，对永宁城负责，海参崴因为只具备军事作用，只设立守备司令。
在一级行政区，也仿照元老