郑逆的水师立刻进行了反击，双方激战两日，没有一艘船逃出港口，最终，几艘装满火油、炸药的船只冲进安平港，给闽海王最后一击。
海军占据了上风向，占尽了优势，只损失了两艘护卫舰，而刚刚经过了分裂的郑家水师战斗力大减，狭窄的港口之中无处躲藏，大半被毁。
“我怀着矛盾的心情指挥了对安平港的围攻战，毫无疑问，这是华夏抗清力量的损失，但从另外一个角度讲，社团在东南沿海最大的竞争对手却灰飞烟灭了，一切那么突然，有些让人不敢相信。”李明勋在给元老院的战报之中如此写道。
郑芝龙在安平城呆了三日，即便他四处督军，也没有阻止水师的灭亡，一直到博洛的使者再次赶到，郑芝龙接到了闽粤总督的大印，便点了几百人马前往福州面见博洛。
郑芝龙原本以为会得到上宾之礼，他认为博洛不仅会给自己闽粤总督的职位，还会与自己一道，全力打造水师找李明勋复仇，然而，这些都没有出现，郑芝龙的护军被隔绝，博洛见到郑芝龙的第一面就是把他踹倒在地。
“你以为我大清要的是这等连守护犬都不如的废物吗，大清要的是水师，能够征伐舟山，渡海东番的水师，你把我大清的水师丢了，要你何用，要你