小地盘在掌握之中，但权柄却是更重，在绍武和永历相争的时间，林士章就在社团的支持下对琼州和雷州的官将进行大换血，大量林姓、海姓的文官执掌了二州行政财政，而二州辖制内卫所和将帅也被黄蜚的义子和袁时中的把兄弟控制，可以说，琼雷二州已是自成一体的藩镇，而林士章显然还不满足，在成为广东巡抚之后，廉州、高州也在控制之中，林士章不仅要扩大地盘还要更大的权柄。
林、黄、袁三人已经形成了一个巨大的政治军事联盟，林士章直接向瞿式耜讨要任命官员和将领的大权，目的就是让粤西这块地盘针插不入，水泼不进，用林士章的话来说，他要按照自己的节奏自己的判断去抗清，不受任何人的影响。
瞿式耜对琼雷二州也有了解，林士章有大义名分也有军事力量支持，已经在二州清理了军屯，强迫大户缙绅上缴往年欠税，可谓大权独揽，瞿式耜想改变这一切也是晚了，而黄蜚更是暗示，在永历这里得不到的东西，可以在鲁监国那里得到。
最终，瞿式耜选择了妥协，给了林士章想要的一切，粤西事实上藩镇一方，宛若一个小朝廷，除了名义上尊奉永历皇帝，每年给永历朝廷三万两白银的赋税，其余完全自主，而正是这样一个政策自主的独立王国，则