借虾夷地，占领了琉球，让德川幕府失去了唯一一个藩国，这让一直有中央大国思 想的幕府十分不满，更不要提后来中明结盟，与日本还在战争状态下的郑成功加入了盟军麾下，成为了合众国的下属。
这几年，日本一直要求合众国施压郑藩，将琉球重归旧制，继续维持一国两属的状态，但最终得到的结果是，琉球王被革除，琉球成为朱明的领土。
在经济上，双方的纠纷就更多了，合众国一直希望德川幕府放开对金银贵金属交易的限制，虽然不奢求用金锭银块交易，但希望不限制用金小判等日本货币购买商品，合众国一度提出，由合众国出面，协助德川幕府制定更高效的货币政策，并且提升日本冶炼金银的技术，但所有在这方面的努力最终化为泡影，更不要说，德川幕府坚持垄断重要的生丝贸易，枉顾市场需要，以命令的形式制定生丝的价格，然后其他货物以生丝作为基础，再制定价格。
如果不是德川幕府监控力度不够，政治腐败导致走私拥有极大的空间，那么因为贸易纠纷就值得两国爆发冲突了，即便如此，合众国每年还要大量进口日本的粮食、棉花、麻、煤炭、木材和手工艺品来弥补货币不足的情况，为此合众国煞费苦心的为日本的粮食和煤炭、木材三大宗货