晚后半夜，魏柏年亲率一支八百人的武装队冲入了长崎城，控制了主要街道和长崎奉行所，宣布对这座城市进行军事管制，然后命令城中所有的中国人和华人向码头撤离，而码头的船只则将其先带到长崎港最近的五岛暂时安置，第二天华人自卫队和中国商人志愿队组建，控制长崎的武装力量达到了四千人，虽然枪械不足，但大炮却很多，直接放在路口装满霰弹阻击。
日本的暴民很快被镇压，唐津藩与周边的两个谱代大名重新组织了两千五百人的军队围攻，但遭遇了失败，长崎事变发生的十天后，北洋舰队就赶到了，可惜，北洋舰队指挥官只带来了战舰，没有带陆战队，因为他得到的情报只是长崎发生骚乱，商船需要护卫。
但舰船上还是有随船陆战队的，舰队里的水手也不缺少武器，北洋舰队司令官宋罗峰派遣一千人上岸支援魏柏年，魏柏年是宋罗峰的堂外甥，配合倒也得当。
中国人控制长崎城的消息很快传开，九州和本州的一些大名开始集结部队汇聚而来，但也有一些大名，比如岛津藩故意找借口迟缓出兵。
大本营，元老会议室，元老们因为突发的长崎事变已经被紧急召集起来，这一次元老会议中多了阿海和马东来两位年轻的角色，李明勋今年初