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在卢象升滔滔不绝的时候，崇祯想得却是另一件事情，裁撤卫所制，只是他的意图的第一步，真正的目的所在，就是将军事与行政完全切割开来，成为两个独立的存在，互不干涉。
也就是像后世的那般，军队只负责防御，更加的纯粹，或者对外战争，武将不得干涉地方的行政，只听命于最高长官，高官，相应地，地方的官员也没有军权。
自然，如果真得这样做的话，进行军事改革，皇帝当然兼任高官，也就是古时候的太尉，明清没有这样的官职。
换而言之，未来的大明朝廷，在崇祯的改革计划里，不管是总督，还是巡抚，权力都将得到极大的限制，要么是地方的官员，要么就是统帅军队的将领，而非是兼而有之。
从后世的各个国家的情况来看，之所以国家稳定，鲜有出现内乱，大部分的原因就是在于，军政的完全隔离，互不干涉，而又互相掣肘与监视。