入口至港正横位置为自引航段，东、西向航行船舶规定相同。整个海峡航程一天左右，其中强制引航段航行约10个小时。
引水预定
引水预定船舶一旦决定通过麦哲伦海峡。要及早将船舶及申请引水的范围报给代理，以便提前预定引水。如果船舶只申请强制引航段引水，需要提前两天预定；如果申请全程引水，东行船舶必须提前3―4天提交申请，因在海峡太平洋入口处没有设置引航站，引水必须乘引水艇从引水站抵达西入口，期间有12个小时航程。
预定引水后代理会电告船舶引水上船地理位置，此后船舶要每天更新，以确保引水按时上船。引水登轮地点及方式船从西部进入海峡，如果申请全程引水。引水通常在（52°55′074°00′）处登船；如果风浪较大，引水会要求船舶自引到（53°10′073°21′）处上船。
船舶在接近海峡向信号台报告时，信号台会临时通知引水上船的时间和地点，船方一定要核对好上船位置并做好各项准备，安全接近登船点。如果船舶是从智利港口开出东行经过麦哲伦海峡，引水一般在西海岸（43°35′074°00′）附近上船，引水上船后经沿岸航线驶抵麦哲伦海峡，中途不更换引水。