王室机关将被废除，并宣告巴西各省受里斯本管辖。因此，葡萄牙政府派遣军队到巴西驻兵，并把巴西的武装力量置于葡军的控制下。以加强对巴西的控制。后来在伯南布哥、巴伊亚等地。葡军和当地的武装分子发生武装冲突。1822年1月。议会要求佩德罗立刻返回里斯本，佩德罗拒绝，并宣告将留在巴西，不久后建立由若泽·博尼法西奥·德·安德拉达·席尔瓦（jsébnifaideandrada）为首的新政府，更要求葡萄牙驻军撤出巴西。
同年2月，葡萄牙驻巴西的军队开始打击巴西境内的分离活动。佩德罗于是撤销葡军指挥官的职务，并向葡军下达后退的指令。一个月后，葡萄牙增援部队到达里约热内卢外海。但被佩德罗拒绝入港，到达里约热内卢增援的葡军及驻巴西葡军在补给后返回葡萄牙。然而，在伯南布哥省、巴伊亚省却开始出现了流血事件，当地武装分子向驻军发动攻击，双方出现流血冲突。5月，佩德罗宣告自己成为“巴西的保护者”。
8月，葡萄牙议会决议，废除佩德罗的摄政王职务，并组织讨伐军讨伐巴西。1822年9月，到达圣保罗市的佩德罗。得悉本国将要派出讨伐军后，便到附近的伊皮兰加河（riipiranga）脱下军服上的葡萄