展开为期十年的“破衫汉战争”（guerradsfarraps）。翌年。南里奥格兰德脱离巴西独立，建立共和国。另外，在1837年，巴伊亚首府萨尔瓦多亦出现******教黑人起义，欲建立一个巴伊亚人的独立国家。再加上1839年马腊尼昂的市民起义，都令政府军措手不及。然而，这些动荡不安显示出各省对祖国的不满及对立，这个现象更一直延续到下一个世纪。
即使政府对各省的叛乱加以镇压，但政府却无力进一步加强对各省的控制。为了挽回局势，在1840年间，帝国议会漠视摄政委员会的休会法令，再次召开议会，并咨询小佩德罗登基的意愿。其后，小佩德罗同意登基，并于次年7月18日即位，恢复皇帝的统治，以回复国家的统一、和平及繁荣。
佩德罗二世统治时期（1840年－1889年）
佩德罗二世登基后，立刻废除联邦制度，再次建立中央集权的政府，加强对各省的控制。起初的几年间，共和主义者反对帝
制，再次发起暴动，但很快就被镇压下去。不久后，佩德罗加速集权，他运用宪法赋予的权力，解散自由派占多数的下院，并重新甄选出保守派的议员，以压制自由派的势力。此外，他又赦免各省叛乱者