凹的沙地，芦苇丛生，中多小湖沼，经常被湖水淹没，日益沙漠化，却没有大河注入，其蒸发量大大超过河水的补给量，平均含盐量也达到10.42‰；
其二，巴尔喀什湖是一个东西狭长的湖泊，东西长约605公里，南北最窄处只有十几公里，这就影响湖水水体的交换，东部的咸水和西部的淡水间无法很好的相互交流。
因此，巴尔喀什湖形成了东咸西淡、一湖两水的这一罕见奇特现象。
近况编辑
随着中亚地区和中国
巴尔喀什湖卫星图像
巴尔喀什湖卫星图像
新疆的工业、农业和城市化发展，中亚地区的用水量日增。包括咸海和巴尔喀什湖都严重受到“灭湖”的威胁。巴尔喀什湖湖水还受到了哈萨克斯坦的严重工业污染。
而且渔业资源正在遭到前所未有的严重破坏。由于对违规捕鱼打击不力，偷渔者屡禁不止，在水产业上缺乏合理的规划，使得每年的捕捞量大大超过了生态警戒线。巴尔喀什湖流域只有9家合法的捕鱼公司，但是这些企业通过非法转让捕捞权坐收渔利，通过转让得到捕鱼权的公司则肆意打捞。沿岸企业的工业污水排放严重地污染了水域，水中的铜含量已经超过