李定国病情好转时再做他图。
云南的战事就这样拖了几个月。1688年5月，李定国集结四万余人，与从楚雄紧逼过来的顺军大战。此战虽然击退了顺军，收复楚雄府城，打通了与滇西地区的联系，但李定国却又一次病倒，并再也没有起来。
8月，从川中获得了大量补给的顺军卷土重来，两路威逼直趋昆明。明军组织了几次反击战，结果都不理想，反而损兵折将，士气低落。在这个时候，临安、新化、元江等地的土司也纷纷杀官造反，投降顺国，这使得昆明城的人心更加惶惶。
9月，李定国病逝，明军最后的顶梁柱倒下，人心、军心大乱。顺军趁机猛攻，部分明军殊死抵抗，给予了顺军极大的杀伤。不过他们驱赶降兵为先锋，本部死伤并不大，士气始终维持在一个较高的水平。夫战，勇气也！没了勇气，这仗自然也打不成了。
10月底，在部分明军临阵倒戈的情况下，左营士兵攻入昆明。南明永历天子不知所终，李定国之子李嗣兴与部分将领率部突围，进入曲靖府，意欲与当地明军联合，再图反攻。不过在都城被灭，天子失踪的情况下，诸将都有些心灰意冷。李嗣兴见事不可为，再度率部东行进了贵州，然后汇合了一部分当地明军，又进入了广