的经费就绝对数额而言并没有显著减少，但问题在于比重大大降低了，而且现在搞正规化后，开支也急剧增长。
举个例子，以前郑芝龙时代的福建水师，是以少数职业官兵为骨干，辅以大量的渔民。这些渔民平时在家里种地打鱼为生，这并不需要郑氏支付任何费用，战时则被征召起来，架着自己的船只到指定地点集合，郑氏核心的职业官兵给他们发放武器装备，指挥他们作战，这个时候才会产生费用。另外当时还有很多中小型的海盗组织，他们平日里也是自己管自己，战时可能会追随郑芝龙出战，但这部分的开支其实并不重。
而郑氏在取得福建全省后，开始大搞正规化，那么一切就都不一样了。福建水师的职业官兵人数大大增加，维持费用自然也大大增加。所以说福建水师的规模虽然比以前缩减了太多太多，但开支却有增无减，只是在军费中所占比例降低了不少罢了。
福建水师现在也进行了改革。在刘国轩这个水师第一人被抄家灭族之后，郑克臧在东岸顾问建议下，将全闽水师编成了两部分，即以小船、非专业战舰、杂号船只为主的海防舰队，一位郑氏族人担任了舰队提督；另外，从东岸购买的战舰、自己仿造的战舰编成了大洋舰队，郑克臧任命了曾在库页岛学习