这个公司可并不仅仅只是做海运生意而已，它所拥有的权限极大，不但可以自行组织佣兵、发行货币，还可以与其他国家签订正式条约，并拥有在海外实行殖民统治的权力。
东印度公司的发展就是一部武力开疆的历史，从1619年东印度公司总督科恩在巴达维亚建立公司新总部开始，东印度公司便不断地使用武力占领和抢夺殖民地。在原本的历史上，荷兰进入远东的最大受害者就正是葡萄牙，在近半个世纪的时间中，葡萄牙先后被荷兰抢去了斯里兰卡的加勒、满剌加、科伦坡等等殖民地，到1659年的时候，葡萄牙人在印度沿岸的据点几乎被荷兰人抢夺一空。事实上不用等到几十年后，葡萄牙人现在就已经充分地感受到了荷兰人所带来的压力。
然而想用武力驱逐荷兰人可并不是一件容易的事情，17世纪荷兰东印度公司拥有150条商船，40条战舰，超过五万名员工和万人以上的‘私’人武装，别说葡萄牙，就算是传统海上强国西班牙都对其忌惮三分。事实上荷兰人在台湾建立据点之后，便想法设法阻断大明与马尼拉之间的往来，并独家垄断日本、朝鲜及中国北方的对外贸易，这让西班牙人很是不满，但双方‘交’手多次，东印度公司却并没有被赶出远东，反倒是越发强盛了