、军事、行政的三司直接对六部负责。
最初内阁大学士只具备了顾问的身份，属于皇帝的私人秘书，只有皇帝才有最终的决策权，而内阁此时还并不是真正意义上的权力机构。但从明仁宗、宣宗时期开始，内阁大学士的地位日益提升，而权力也随之水涨船高，成为了皇帝的最高幕僚和决策机构。当时全国大大小小的奏章，都是由通政使司汇总，司礼监交给皇帝过目之后送到内阁，所有的处理意见由内阁拟定，皇帝批准，最后再校对下发到地方官府。
到了明世宗年间，夏言、严嵩等人执掌内阁之后，这内阁就完全化身为宰相，地位已经上升到六部之上。而万历年间的张居正担当内阁首辅的时候，其职能和地位几乎已经非常接近现代国家政权中首相的地位。
在没有听说过海汉执委会的这套执政体系之前，李清扬也和众多的大明国民一样，认为皇权加上内阁体制就是天下最好的执政体系，但对海汉有了一些初步的了解之后，李清扬突然发现看似完美的大明内阁制度其实也还是存在着诸多的隐患。
大明内阁并没有获得过法定的行政权威地位，这两百多年下来，没有一个皇帝敢于违反祖制，把管理天下的大权正式交给内阁体系，内阁从始至终都名不正言不顺