，位于琼州海峡的海军舰队也在进行重新部署。两艘“威严级”混合动力战舰将有一艘会作为南征舰队的旗舰，率领海军部分战船南下，而另一艘则将继续坐镇琼州海峡，以防局势有变。
有鉴于前次侦察所得的情况，这次军委组织的南征舰队规模还不算太夸张，一艘“威严级”、两艘“探险级”、四艘“探索级”，共七艘作战船只，另外还有四艘“探索级”改装的运兵船和后勤补给船，整个舰队合计十一艘船，作战人员加上船员也有千人上下。这样一支舰队要攻打连岸防炮台都没有的纳土纳岛，的确没有太大的问题。
但这还并不是南下舰队的全部，按照军委的计划，安南军区也将出动一部分陆军，他们的任务是在舰队攻占纳土纳群岛的主岛之后，负责在当地长期驻防。
按照军委之前的计划，海军在攻打纳土纳岛的过程中并不会打出海汉的旗号，而是以海盗的名义占领这一地区，将琼北的做法再在南洋复制一次。这样做主要是为了避免在短期内与荷兰人发生直接的冲突，毕竟海汉在安南南部的几处港口还处于施工阶段，近期无力在靠近纳土纳岛的地方布置大量海军，而纳土纳岛本身也缺乏天然良港来驻扎海军舰队，因此军委目前只将目标定为实际控制纳土纳岛这个战