海上武装的指挥官职务之后，便开始着手准备攻打纳土纳岛的事宜。有鉴于前次的失败经验，东印度公司想要收复纳土纳群岛，所做的准备工作就必须得比之前更为充分才行。上次出动的兵力显然并不足以撼动对手在岛上部署的防御阵地，考虑到对方的海船全部没见着影子，有可能在岛上驻守的还并非主力，那么再次出征的时候就必须把撞上对方主力部队的可能性考虑进去，再仅仅只是上次出动的那兵力显然是不够稳妥。
范迪门根据前次的交战状况进行了估算，认为至少要派出三千人左右的兵力，才能保证在岛上的交战中以火力压制住对手取得主动，然而要调集到他所需的这么多兵力，对东印度公司来也绝非易事。
东印度公司在整个远东地区的武装人员有将近万人，这绝对是一个很有威慑力的数字，不过这些人员分散部署在公司的数十个殖民地，短时间内是没法完成快速聚集的。这种弊端的根源还是在于殖民地分布太过分散，没办法集中部署兵力，类似纳土纳岛失守之前，岛上也有一批武装人员和训练的土著协从军，但很显然这象征性的防御力量并不足以阻挡对手的进攻。
巴达维亚周边地区是东印度公司重布防的区域，仅在巴达维亚城就驻扎了超过三千名武装人员