先把马公港清理下来再说，明天再派船队去撵一撵十八芝的屁股吧。”颜楚杰稍一犹豫，最后还是选择了放弃追击。
钱天敦对此也持比较慎重的态度：“这里岛屿众多，我们对澎湖附近的海域又不熟悉，打夜战太冒险了，也没有冒这个风险的必要。还是先缓一缓，等明天再让舰队清理附近海域。”
两名同僚都建议稳重应对，王汤姆也不会坚持冒险作战，当下便通过电台通知另外两支舰队，让他们收拢队伍，开始对马公港码头进行清理。同时派船通知福建水师，让他们派船往南北两个方向沿海岸线进行搜索，看看澎湖岛沿岸是否还有尚未来得及撤离的海盗船队。
在意识到大势已去之后，滞留在马公港未能来得及撤离的数千人没有再进行无谓的抵抗，大约三分之一的人选择了就地投降，剩下的人则是抱着侥幸心理撤向了内6，指望敌人对澎湖的攻打只是短期行为，打完这一波之后就会撤回大6。
颜楚杰也没有急于让部队连夜进行搜捕，而是在马公港划定了驻扎区，让运兵船和货船能偶尽快入港停靠。这次的联合行动，海汉与福建军方总共投入了近万作战人员，还动员了几乎数目相当的民夫负责后勤辎重。不过开战之前的种种担心，现在看来都已经不会