登6作战，还专门进行了船体改造和登6演习，所花费的人力物力财力都不是小数目。不过从目前的状况来看，这些准备工作似乎都显得有点多余了。第二艘运兵船已经顺利靠岸，当两个连的6军下到岸上架设起一道外围防御线之后，几乎已经可以确定十八芝很难再组织起有效的反扑把海汉民团重新赶下海了。
“我认为这可能是因为十八芝的主力作战部队已经撤走了。”钱天敦表了自己的看法：“想必郑芝龙现在已经不在马公港了，不然也不至于乱成这样，这分明就是树倒猢狲散的景象。”
钱天敦所料的确不差，郑芝龙在派出了第二支船队后不久，便离开了马公港。不过他并不是从这里乘船出海，而是折向澎湖岛内6，横穿澎湖之后，在岛东北端的白坑渔村搭船出海。
郑芝龙之所以选择这种比较麻烦的撤离方式，也是有他自己的安全考虑在里面。先如果他在众目睽睽之下从马公港率先离开，那么对于仍然没有来得及撤离的人员来说无疑会有一种被抛弃的感受，很容易引大的混乱不说，而且对他个人在十八芝中的形象也会起到负面影响。其次他很担心对手的船队随时杀到马公港，那时候即便船已经出海，也很难逃过海汉人那种高战船的衔尾追杀，因此他选择了从澎湖