各处地区定居，重新开始生活。北方难民如果能在澎湖这里进行休整，那么对他们适应南方气候环境，保证移民的存活率都会起到一定的作用。
而要完成这样的转运任务，海上运力和本地的港口接纳能力都将经受很大的考验。马公港作为商港问题不大，但要吸纳移民、屯驻海军，就还需要在本地另行建设港口码头。
5月5日，眼见大势已定，海汉民团开始逐步撤离澎湖。石迪文的舰队首先出发，护送一个营的陆军踏上了返回三亚的航程。一天之后罗杰的舰队也离港出发，与其同行的是这次特地从海南岛各地集中起来的炮兵营。不过炮兵营这次并没有在澎湖战役中捞到什么油水，上岛之后根本就没有再爆发过大规模的交火，炮兵们只是在攻打几处据点的时候出场刷了一下存在感，所获得的战功远远不及海军的同行。
5月9日，颜楚杰和王汤姆也率部离开了澎湖返回三亚。与其一同南下的除了民团陆军之外，还有福建军方派往三亚接受为期三个月军训的新一批基层军官，同时这也是许心素与海汉合作以来派出的第六批留学军官。
这批军官几乎全部是来自福建水师，他们到三亚期间除了学习海汉海军的各种战术之外，还有一个很重要的任务就是接收新近