朱纨出任浙江巡抚，督浙闽海防军务，委派福建都指挥佥事卢镗及副使魏一恭，率刘恩至、张四维、张汉等将领集结战船48o艘，水6两军6ooo余人，围剿双屿港匪巢。
连日激战后，明军俘获匪李光头、稽天破、顾良玉等人，击毁海盗武装帆船数十艘，杀敌数百人。而葡萄牙人平托在著作中的记述更为惊人，称明军在岛上处死的基督徒多达万人，其中有八百名葡萄牙人，被毁财产总值达二百五十万葡元。
战后朱纨亲自登岛巡视，本来想驻兵戍守，但最终还是选择了用木石沉海堵塞堵塞了双屿隘口，彻底废掉了这个海盗港。此后的三个月中，朱纨指挥部队连续征讨南麂岛、磐石卫等周边区域的倭寇，平息了这一地区持续二十年的匪乱。然而朱纨的行动大大损害了当地豪绅和部分官员坐地分赃的利益，难以避免地招来了仇恨，御史陈九德、周亮等人弹劾朱纨“举措乖方，专杀启衅”，又弹劾卢镗等人“党纨擅杀，宜置于理”，稀里糊涂的嘉靖皇帝便下令追究朱纨死罪，最后朱纨含冤自杀，卢镗等人被革职入狱，定为死罪，后来因倭寇再次猖獗而被免罪重新启用。
这一战之后，葡萄牙人受到重创，只得离开浙江前往福建沿海，后来又数次被驱逐，辗转多处，最后才