那五斗米教并没有因为张鲁的降曹而垮掉。五斗米道的传人及其徒众也并没有受到多大损害，他们则是拍拍身上的灰尘，振作疲惫的精神 ，从而继续在广柔的大地上从事着传教活动。
后来经历了数百年的演绎和变迁，到了东晋时期，五斗米道发扬光大，教众甚广。不仅拥有广大的下层民众，而且还得到了很多上层豪门士族的崇奉，出现了许多著名的五斗米道世家，其中较有名气的如：琅琊王氏、孙氏，陈郡谢氏、殷氏，高平郗氏，会稽孔氏，义兴周氏，丹阳许氏、葛氏、陶氏，东海鲍氏等等。就在这一时期，他们找到了一个高尊之人，那钱塘人杜子恭被奉为了五斗米教教主。
等到那杜子恭死后，其弟子琅琊人孙泰被推上了教主的高位；东晋隆安三年(公元399年)，孙泰之侄孙恩继承教位，他也就是现如今的五斗米教的教主。
那么有人不禁要问了，这五斗米教怎么会与前秦的异族扯上了关系呢？其实说来也很简单，当然是那前秦派人来寻找到现任的五斗米教教主孙恩。他们给孙恩画下了一个巨大的大饼。说是五斗米教只要配合他们夺下东晋天下，就将那整个巴蜀之地，楚湘之地，江南之地以及岭南之地全部都由他来治理，让他获取东晋国的半壁江山，