起义军如星星之火一样燃烧在大明各地，同清军进行战斗，清军的统治一时间摇摇欲坠，不过还好，北方还算安定，一些投降的明军官员，努力帮助清朝稳定地方，恢复民生。
这时候，有一个震惊的消息传来，郑芝龙投降了清军，但被清兵要求去燕京觐见顺治皇帝，郑芝龙被迫前往，最后被扣押，他的儿子郑成功，郑森，乘势起义，夺取兵权，继续经营郑氏地盘，金门，舟山，厦门，泉州，同清军开战，但败多胜少，听说郑成功已经想要将他的主要精力，转到海上，谋划着进攻宝岛的荷兰人，准备以此为基地，继续抵抗清军。
郑氏同荷兰人的关系急转直下，一些郑氏将领背叛郑成功，转而投降清军，但大部分各自树立山头，有些人依附壕门镜的葡萄牙人，有一些直接投奔了荷兰人。
大明的形势变得扑朔迷离。
李成栋则继续谋划着进攻汀州的隆武皇帝的南明朝廷。
这时候，传来，桂林的桂王朱由榔，在一干大明的臣子的拥戴下，在广东肇庆登基，又一个南明朝廷建立。
年号永历。
一些南明臣子纷纷倒戈，一时间，永历朝廷控制了南明大部分地盘，广西，广东，江西，四川，云南，贵州等的大部分